Située à 118 mètres au-dessus du niveau de la mer, la Citadelle d’Alger couronnait la médina d’El-Djazaïr du côté sud-ouest et formait l’angle d’inclinaison à partir duquel descendaient les remparts de la médina jusqu’à la mer. Commencée en 1516 sur ordre de Arroudj Barberousse et agrandie par Mustapha Pacha, la Citadelle fut à l’origine un fort militaire, jusqu’en 1817, année où l’avant-dernier dey Ali Khodja, décida d’en faire sa résidence et le siège de la Régence. A l’arrivée de Hussein Dey à la tête de la Régence, la Citadelle fut aménagée en fonction de son nouveau rôle, en siège de l’administration, de la justice et des finances. Elle comprenait le palais du dey et ses dépendances divisées à l’époque en une aile réservée aux femmes (harem), en appartements du dey, en salles de réunions du diwan, en cuisines et hammams ; la mosquée du dey réservée au dey et à son protocole ; le palais et le bain de l’agha ; le palais des beys et ses dépendances réservées aux beys de Constantine, Médéa et Oran qui venaient tous les trois ans pour les dnouches (tribut redevable aux beylik par ces trois provinces) ; la mosquée des janissaires ; la poudrière qui servait à la fabrication du salpêtre et qui est aujourd’hui l’unique spécimen architectural de ce genre en Algérie ; la distribution d’eau ; les jardins d’hiver et d’été : le parc d’autruche, les cinq batteries de canons et enfin, les casemates qui servaient à l’hébergement des janissaires et qui furent transformées dès le début de la colonisation française en 1830 en caserne. La Citadelle fut habitée par les généraux de cette armée jusqu’en 1840, année où certains secteurs furent transformés en hôpital militaire. Classé monument historique dès 1887, une partie de celle-ci (palais du dey, mosquée du dey, poudrière) fut aménagée en un musée colonial militaire en 1930.
A l’Indépendance, tout ce que contenait le musée fut pris par la France.
Aujourd’hui, la Citadelle connaît des travaux de restauration afin de redonner à ce complexe historique, symbole de l’Etat algérien avant la colonisation, son importance d’antan.